La cripta es el fascinante espacio que aloja la sección de orfebrería. Se trata de un antiguo aljibe romano que en el s. XVIII se usó para cimentar parte de la iglesia -la zona de los pies de la nave-. De reciente acondicionamiento tras las obras realizadas en el subsuelo de la Basílica durante el verano de 2013, es la primera vez que se abre a la visita pública este privilegiado espacio, recuperado al término de esta centuria en que conmemoramos la efeméride de la consagración. No menos espectacular es el tesoro patrimonial que cobija: cálices, copones, custodias y otras piezas de alhajamiento para el culto se ofrecen aquí en un verdadero derroche de abundancia cuyos destellos metálicos obnubilan, arrebatan, embelesan y colman al más ávido de los ojos. Además, se trata de una ocasión única para poder contemplar en su integridad las piezas que componen el tesoro de la Basílica, pues muchas de ellas permanecen a resguardo durante todo el año con la salvedad de ser usadas en alguna misa solemne, muy puntualmente.
Desde las piezas más antiguas hasta la postrer incorporación, un cáliz donado en diciembre de 2014, este espacio enfrenta a las clásicas piezas del fondo basilical con las incorporaciones que se han ido sumando en la centuria en la última centuria. Entre estas incorporaciones cabe destacar la que es pieza estrella del tesoro: el Cáliz de los Reyes Católicos, también mostrado por vez primera aquí.